案例一：

高級別漿液性卵巢癌（high-grade serous ovarian carcinoma）是致死率高的婦科惡性腫瘤。目前對漿液性卵巢癌的治 療方案創(chuàng)新極其受限，主要原因之一就是缺乏一個穩(wěn)定的腫瘤分子分型體系。2020 年 2 月 10 日，牛津大學(xué) Weatherall 分子醫(yī)學(xué) 研究所 Ahmed A. Ahmed 實驗室和曼徹斯特大學(xué) Christopher Yau 研究組在 Cancer Cell（IF=26.6）雜志發(fā)表相關(guān)研究論文 ^[1]。這項研究通過深度單細胞 RNA 測序技術(shù) Smart-Seq2 刻畫了人輸卵管上皮組織，共測序了約 6000 個主要來自非卵巢癌病人的 正常輸卵管上皮細胞（非癌細胞），發(fā)現(xiàn)并驗證了輸卵管上皮內(nèi)的 6 種新細胞亞型，包括 4 種分泌細胞亞型，1 種分泌 - 纖毛中間態(tài) 細胞亞型以及 1 種特殊的組織原位 T 細胞。非癌癥病人和癌癥病人的輸卵管上皮細胞都有 Cellcycle, EMT, Difffferentiated 和  KRT17 cluster 四個亞群的細胞。通過分析發(fā)現(xiàn) TCGA 和 AOCS 數(shù)據(jù)庫很大比例的樣本都可以通過 52 個 marker 基因（7 difffferentiated markers, 10 KRT17 cluster markers, 12 EMT markers, 15 cell-cycle markers, 和 8 ciliated markers）形成的 panel 進 行主要分群。研究者們進一步發(fā)現(xiàn)“分解”分析（deconvolution）中的 EMT（epithelial-mesenchymal transition，上皮 - 間質(zhì)轉(zhuǎn) 化）細胞狀態(tài)的比例和病人預(yù)后顯著負相關(guān)，12 個 EMT marker 顯示表達比例越高的病人其生存期越低，且這一相關(guān)性在九個 獨立數(shù)據(jù)庫中都可被重復(fù)出來。為了進一步證明 EMT 及其他四種細胞狀態(tài)的信號可來自于癌細胞，研究者們利用激光捕獲顯 微切割技術(shù)（LCM）獲取了純度更高的腫瘤樣本，并進行了轉(zhuǎn)錄組測序，對 LCM 樣本數(shù)據(jù)分析重現(xiàn)了在 TCGA 等公共數(shù)據(jù)庫里的 發(fā)現(xiàn)，并通過免疫熒光染色在組織切片和卵巢癌細胞系 KURAMOCHI 中進行了驗證。總之，這項研究利用單細胞測序定義了一 個腫瘤分子分型體系，對卵巢癌的預(yù)后分析帶來重要影響。

圖 52 個 marker 基因形成的 panel 可進行主要分群 ^[1]

案例二：

CD73 是一個抗腫瘤的熱門靶點。免疫檢查點療法（ICT)，例如抗 CTLA- 4 和抗 PD-1/PD-L1 已經(jīng)極大地變革了人們對多種腫 瘤的治療方式。但是臨床上只對部分特定腫瘤類型的患者提供持久的抗腫瘤反應(yīng)，腫瘤特異性免疫檢查點靶向的機制基礎(chǔ)尚 不清楚。為了深入了解腫瘤特異性免疫調(diào)節(jié)靶點，來自美國德克薩斯大學(xué) MD 安德森癌癥中心 Padmanee Sharma 研究團隊通 過分析多種病人來源的 5 種不同類型腫瘤中浸潤的免疫細胞分型，發(fā)現(xiàn)了神經(jīng)膠質(zhì)瘤中特異性存在 CD73(hi) 的巨噬細胞。研究 團隊對四個 GBM 腫瘤進行了單細胞 RNA 測序 ^[2]，細胞分成了 17 個亞群，包含了 4 個 CD3+ T 細胞和 10 個 CD3-CD68+ 髓系細胞。在 10 個 CD3-CD68+ 髓系細胞中，其中有 4 個是 CD73(hi)。ScRNA-seq 顯示 CD73(hi) 髓樣細胞富含免疫抑制基因，并且具有與 常駐小膠質(zhì)細胞特征不同的特征。將 CD73 巨噬細胞的基因與癌癥基因組圖譜（TCGA) 中的膠質(zhì)母細胞瘤樣本進行比較，結(jié)果表 明 CD73 高表達的巨噬細胞的基因特征與存活率下降相關(guān)。研究人員分析了 5 名接受過 PD- 1 抑制劑 Keytruda 治療和 7 名未接受 過 PD- 1 抑制劑治療的膠質(zhì)母細胞瘤患者，均發(fā)現(xiàn)了表達 CD73 的巨噬細胞簇，說明抗 PD- 1 治療沒有使膠質(zhì)母細胞瘤的微環(huán)境 發(fā)生明顯改變。

圖 在 GBM 小鼠模型中，CD73 的缺失增強了 ICT 的療效 ^[2]