伯豪生物鄧?yán)蠋熃o大家介紹一下對轉(zhuǎn)錄組TCGA & GEO的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，包括差異分析、富集分析、單基因展示以及其它個性化做圖。

在深層皮膚損傷后，哺乳動物的進(jìn)化為了加速傷口愈合，會產(chǎn)生纖維化疤痕。我們無法再生功能性真皮以及一些功能附屬物是人類皮膚傷口愈合的主要障礙。有趣的是，一些組織擁有再生的能力，例如全層切除皮膚傷口后的新生毛囊(HF)形成已經(jīng)在小鼠中被證明，這作為一個強(qiáng)大的模型，以了解潛在的皮膚再生機(jī)制。哺乳動物的新皮膚修復(fù)纖維化瘢痕的形成是由于真皮成纖維細(xì)胞占優(yōu)勢，容易產(chǎn)生過量的纖維胞外基質(zhì)。因此，確定成纖維細(xì)胞的來源對于改善傷口愈合效果的治療至關(guān)重要。

結(jié)直腸癌（CRC）是常見的惡性腫瘤之一，在我國的發(fā)病率位于惡性腫瘤第3位、死亡率排第5位，其發(fā)生被遺傳和環(huán)境因素共同驅(qū)動。目前，結(jié)直腸癌的主要治療方法為外科手術(shù)治療、輔助放化療，但晚期CRC患者的總體生存率仍然很低。因此，尋找經(jīng)濟(jì)有效的診斷及預(yù)后評估指標(biāo)，為CRC患者提供有效的術(shù)后監(jiān)測以及提高治愈率尤其關(guān)鍵。

項(xiàng)目新文|基于GEO、TCGA數(shù)據(jù)庫研究MARC2抑制肝細(xì)胞癌進(jìn)展的機(jī)制：“新型線粒體酰胺肟還原成分2是癌癥的有利指標(biāo)，通過調(diào)節(jié)p27的表達(dá)來抑制肝細(xì)胞癌的進(jìn)展”文獻(xiàn)伯豪生物客戶解讀。

前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件。今天來介紹一下怎么利用Space Ranger的結(jié)果文件進(jìn)行后續(xù)分析，這里主要使用Seurat在進(jìn)行下游分析。

前期軟文我們整理了單細(xì)胞核測序（snRNA-seq）相對于單細(xì)胞測序（scRNA-seq）的一些優(yōu)勢，包括細(xì)胞類型多樣性，酶解偏好性，樣本類型（冰凍或者新鮮樣本），酶解產(chǎn)生的應(yīng)激性等方面。涉及的組織主要集中在腦，腎臟和心臟。其實(shí)，snRNA測序還有其他的優(yōu)勢，比如可以更好的研究基質(zhì)內(nèi)嵌的間充質(zhì)細(xì)胞；減少線粒體相關(guān)基因，管家基因的檢測；以及可以識別更多的lncRNAs。

10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)跑完Space Ranger之后都會生成單個樣本的cloupe.cloupe文件，這個文件可以用Loupe Browser來對單個樣本進(jìn)行可視化，Loupe Browser操作簡單、結(jié)果直觀，非常適合不太會寫代碼的老師或同學(xué)來自己挖掘數(shù)據(jù)。

本期的主題是胃腸道腫瘤，為大家搜集了RNA m6A修飾的相關(guān)研究，樣本類型有全血、細(xì)胞和組織。其中全血樣本的研究主要為了尋找標(biāo)志物，而細(xì)胞和組織通常會結(jié)合出現(xiàn)，以便進(jìn)行深入的機(jī)制研究。

伯豪生物通過互聯(lián)網(wǎng)收集到8月單細(xì)胞測序相關(guān)文獻(xiàn)41篇（平均IF>9），于本文末列出單細(xì)胞測序文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，伯豪生物隨機(jī)挑選了其中5篇，供大家查閱，以期望提供更多單細(xì)胞測序科研思路給科研領(lǐng)域內(nèi)的各位科研工作者。

伯豪生物單細(xì)胞測序常用研究方向分析，從客戶單細(xì)胞揭示胰腺導(dǎo)管腺癌（PDAC）的異質(zhì)性和惡化發(fā)展闡述單細(xì)胞測序的熱點(diǎn)及案例解讀，以圖文并茂的方式闡述了單細(xì)胞測序科研技術(shù)成果，編者寄希望通過單細(xì)胞測序的熱點(diǎn)及案例的解讀帶給讀者更加適合的科研視角。